Die Trasse wird entlang europaweit bedeutender Naturschutzgebiete (Augsburger Stadtwald, Kissinger Bahngruben und Kissinger Heide) führen und die Auswirkungen werden gravierend sein. Der Abstand zu den Naturschutzgebieten wird unter 100 Metern liegen. Ökosysteme stehen in einem ständigen Austausch mit ihrere Umgebung und sind als lebende Systeme stark davon abhängig. Insbesondere kleine Ökosysteme wie die Kissinger Heide und die Kissinger Bahngruben reagieren extrem sensibel bei Eingriffen in ihre Umgebung. Eine vierspurige Autobahn an der Grenze der Naturschutzgebiete wird daher nicht ohne Folgen bleiben. Die aktuellen Pläne sehen einen Knotenpunkt (Zu- und Abfahrt) direkt neben der Kissinger Heide vor. Derartige Knotenpunkte stellen einen zusätzlichen, großflächigen Eingriff in die Nachbarschaft der Naturschutzgebiete dar.

Die untere Naturschutzbehörde verfolgt seit langem das Ziel, einen Biotopverbund zu schaffen. Dieses Ziel ist dann nicht mehr umsetzbar.

An der Staustufe 23 muss eine 4-spurige Brücke komplett neu gebaut werden, parallel zum Betrieb der alten Trasse. Dies wird nicht ohne Eingriffe in das direkt angrenzende Naturschutzgebiet „Augsburger Stadtwald“ gehen.